Mälaren och dess närområde nyttjas av en stor mängd människor, till en stor mängd olika aktiviteter. Här finns strövområden, gästhamnar, yrkesfiske, fraktfartyg, jordbruk, dricksvattentäkter och härlig natur. På grund av alla dessa olika användningsområden beräknas Mälaren ha ett mycket stort värde för oss människor.

Övergödning, reglering av vatten och läckage av bekämpningsmedel och andra miljöskadliga ämnen påverkar den biologiska mångfalden i Mälaren. Strändernas värde för natur- och kulturupplevelser samt bad och friluftsliv hotas idag av igenväx­ning, algblomning, exploatering av stränder för bebyggelse och av privatisering av strandzonen. Önskemål om att bo sjönära har dessutom ökat de senaste åren vilket leder till ett ökat tryck på stränderna. Främmande arter av växter och djur orsakar ofta svåröverskådliga skador på ekosystemen där de får fäste och kan börja sprida sig. Det är därför angeläget att minska och helst eliminera risken för illegal eller oavsiktlig införsel och spridning av dessa arter.

De största problemen för Mälaren och dess avrinningsområde anses vara:

• Övergödning av sjöar och vattendrag.
• Fysisk påverkan. I västra delen av avrinningsområdet finns en mängd dammar och kraftverk medan markavvattning, sänkning av sjöar och rätning av vattendrag är dominerande problem i jordbruksbygderna.
• Miljögifter. Både från pågående verksamheter såsom industrier och hushåll samt gamla utsläpp i form av förorenad mark.

Utifrån dessa problem har Vattenmyndigheten föreslagit en rad åtgärder för att Mälaren ska kunna uppnå god ekologisk status. Åtgärderna riktade mot övergödning är strukturkalkning, anpassade skyddszoner, åtgärdande av enskilda avlopp till godkänd skyddsnivå och ökad rening vid reningsverk. Föreslagna åtgärder mot fysisk påverkan är utrivning av dammar och byggande av fiskvägar. För miljögifter föreslås utsläppsreduktion, efterbehandling av förorenade områden, dagvattenåtgärder och odling utan bekämpningsmedel.