Mälaren är Sveriges största sjö och har över 8 000 öar, holmar och skär. I bassängen som ligger längst österut, Galten, rinner 4 vattendrag ut som tillsammans förser Mälaren med hälften av sitt vatten. Vattendragen är Arbogaån, Hedströmmen, Kolbäcksån och Köpingsån.

Stora delar av området kring Mälaren omfattas av någon typ av skydd, så som naturreservat eller Natura 2000. Området är varierat med odlingslandskap, skogsklädda bergstrakter och skärgård. Även Mälarens vatten är väldigt varierat och sjön delas in i ett flertal bassänger eftersom förutsättningarna varierar från en del till en annan. Vattnet i Mälaren är naturligt näringsrikt vilket påverkar hur den reagerar på övergödning.